Chỉ tính riêng trong khoảng hơn một thập kỷ qua, Viện Dân tộc học đã triển khai hoặc tham gia cùng các đối tác thực hiện nhiều đề tài, dự án hợp tác với các tổ chức quốc tế hay địa phương ở trong nước nhằm nâng cao năng lực cho cán bộ của Viện, nâng cao năng lực phát triển cộng đồng cho cán bộ và người dân địa phương, mặt khác, góp phần lý giải những vấn đề của thực tiễn công cuộc phát triển bền vững ở vùng dân tộc và miền núi.
Trước hết là việc hợp tác với Khoa Nghiên cứu các dân tộc bản địa của trường Đại học Tổng hợp Trent-Canada để thực hiện Dự án Đào tạo cán bộ quản lý người dân tộc ở Sa Pa (Lào Cai) (1997 – 1999). Thông qua Dự án này, bằng cách nghiên cứu và trực tiếp tổ chức các khóa đào tạo địa phương, các nhà Dân tộc học đã trang bị cho các học viên là cán bộ dân tộc thiểu số vốn hiểu biết về các giá trị văn hóa truyền thống, những kiến thức cần thiết về quản lý và phát triển cộng đồng, về nhu cầu và phương thức phát triển cộng đồng trong khung cảnh đổi mới và hội nhập, qua đó, từng bước nâng cao năng lực tham gia của chính người dân vào các quá trình phát triển ở địa phương.
Một số cán bộ của Viện đã tham gia tích cực vào Dự án hợp tác Việt Nam – Canada Giảm nghèo cho các địa phương Việt Nam: Nâng cao năng lực đánh giá chính sách và lập dự án (1999-2003) do Trung tâm Khoa học xã hội và Nhân văn Quốc gia (nay là Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam) là cơ quan đồng chủ trì. Những cán bộ này đã tiến hành điều tra, khảo sát thực địa tại nhiều vùng dân tộc, góp phần nâng cao năng lực giảm nghèo vùng dân tộc cho giảng viên các trường đại học và cho cán bộ làm công tác giảm nghèo các địa phương, đồng thời chủ trì và thực hiện xuất sắc việc biên soạn tài liệu phục vụ giảng dạy mang tiêu đề Vấn đề giảm nghèo ở các dân tộc thiểu số Việt Nam.
Trong những năm 1999-2001, Viện đã cử một số cán bộ tham gia vào Chương trình Nghiên cứu lập kế hoạch xây dựng thủy điện quốc gia Việt Nam do SIDA (Thụy Điển) tài trợ, Tổng công ty Điện lực Việt Nam (EVN) chủ trì, trong đó, trực tiếp thực hiện nội dung nghiên cứu Đánh giá các tác động kinh tế - xã hội của 21 dự án thủy điện tiền khả thi trên 05 lưu vực sông: Đà, Lô-Gâm, Cả, Sê San và Đồng Nai. Thông qua việc thu thập dữ liệu bằng phương pháp cùng tham gia tại nhiều địa phương và bản làng người dân thiểu số, các kết quả nghiên cứu đã cung cấp những luận cứ xác thực góp phần vào việc hoạch định và xây dựng các công trình thủy điện trên cả nước trong tương lai.
Nhiều cán bộ trong Viện đã đem những kinh nghiệm và hiểu biết của mình về kinh tế - xã hội truyền thống các tộc người để tư vấn và đóng góp vào thành công của một số dự án phát triển do các cơ quan bên ngoài chủ trì như: Dự án thủy điện Ya Ly; Dự án xây dựng khu công nghiệp Dung Quất; Dự án xây dựng khu cảng Chân Mây; Dự án y tế nông thôn ở Việt Nam (ABC tài trợ, Bộ Y tế chủ trì); Dự án đánh giá tác động xã hội, văn hóa của nhà máy giấy Bãi Bằng; Dự án nghiên cứu nhu cầu giáo dục và y tế của các dân tộc thiểu số ở tiểu vùng sông Mê Kông; Dự án Thủy điện đa mục tiểu Sông Hinh: Nâng cao năng lực đánh giá tác động kinh tế - xã hội của các công trình thủy điện ở Việt Nam...
Viện đã hợp tác với Trung tâm Khoa học xã hội Pháp thực hiện thành công đề tài Làng Việt với những biến đổi của nó.
Trong nửa sau của thập niên 90, Viện đã cùng với Trung tâm Nghiên cứu vùng và phát triển bền vững của Trường Đại học Tổng hợp Chiềng Mai (Thái Lan) thực hiện Dự án Các cộng đồng thiểu số trong môi trường biến đổi, kết hợp với Trường Đại học Tổng hợp Goteborg của Thụy Điển thực hiện Dự án Nâng cao năng lực trong nghiên cứu Dân tộc học /Nhân chủng học xã hội (trong khuôn khổ Chương trình Phát triển nông thôn miền núi Việt Nam – Thụy Điển),...
Từ năm 2002 – 2005, Viện Dân tộc học phối hợp với Viện Địa chất và Khoáng sản (Bộ Tài Nguyên và Môi trường) đã hợp tác với Trường Đại học KU Leuven - Vương quốc Bỉ thực hiện Dự án Tăng cường sự hợp tác giữa các bên tham gia trong việc bảo tồn cảnh quan đá vôi ở vùng Pù Lương - Cúc Phương, phía Bắc Việt Nam. Trong Dự án này, Viện Dân tộc học đã thực hiện nghiên cứu khía cạnh xã hội và văn hóa của cư dân địa phương trong mối quan hệ với vùng cảnh quan của Dự án. Trên cơ sở kết quả nghiên cứu của Dự án, tỉnh Hòa Bình đã xây dựng Khu bảo tồn thiên nhiên Ngọc Sơn - Ngổ Luông cuối năm 2006. Vẫn trong khuôn khổ hoạt động hợp tác với các tổ chức và vấn đề nghiên cứu đã nêu, từ năm 2007 - 2012, Viện Dân tộc học lại tiếp tục tham gia Dự án Nâng cao năng lực nghiên cứu phát triển công viên địa chất ở một số vùng Đông Bắc Việt Nam. Trên cơ sở kết quả nghiên cứu của Dự án, 4 huyện Đồng Văn, Mèo Vạc, Quản Bạ, Yên Minh thuộc tỉnh Hà Giang đã được UNESCO công nhận là Công viên Địa chất toàn cầu vào tháng 3 năm 2010.
Trong các năm từ 2004 – 2007, được sự tài trợ của Quỹ Rockefeller, Viện đã thực hiện Dự án nghiên cứu về Cơ chế ứng phó với tình trạng thiếu lương thực của các dân tộc thiểu số tại vùng cao Việt Nam. Tiếp đó, từ 2005 – 2008, vẫn do Quỹ Rockefeller tài trợ, Viện đã triển khai Dự án hợp tác với Viện Nghiên cứu văn hóa của nước Cộng hòa dân chủ nhân dân Lào thực hiện Dự án nghiên cứu về Cơ chế ứng phó với tình trạng thiếu lương thực của các dân tộc thiểu số tại vùng cao Việt Nam và Lào. Đây là hai Dự án liên ngành, do các nhà Dân tộc học kết hợp với các nhà khoa học thuộc lĩnh vực Y tế, Nông nghiệp và Kinh tế thực hiện. Dự án đã phân tích thực trạng và nguyên nhân thiếu lương thực của các dân tộc thiểu số, từ đó đề xuất giải pháp liên quan đến việc sử dụng 5 nguồn vốn, đó là vốn tự nhiên, vốn xã hội, vốn con người, vốn tài chính và vốn vật chất của cộng đồng cư dân.
Hiện nay (2013), Viện đang hợp tác với Viện Nhân học xã hội thuộc Viện Max Planck của Cộng hòa liên bang Đức để nghiên cứu về Sự chuyển đổi của chợ trong xã hội Việt Nam đương đại. Trong đề tài này, Viện đã đón 6 cán bộ và nghiên cứu sinh tiến sĩ của Viện Nhân học xã hội (Đức) sang nghiên cứu; đồng thời, Viện cũng cử một số cán bộ trẻ tham gia. Một phần kết quả nghiên cứu đã được trình bày ở Hội thảo quốc tế “Sự chuyển đổi của chợ trong xã hội Việt Nam đương đại theo hướng tiếp cận Nhân học” được tổ chức tại Hà Nội vào đầu tháng 4 năm 2013. Nghiên cứu cũng góp phần nâng cao năng lực cho cán bộ trẻ của Viện Dân tộc học.